Multiomics-Workflow

Auswirkung menschlicher Krankheitsvarianten

Ein Einzelzell-Multiomics-Workflow: Auswirkung von menschlichen Krankheitsvarianten auf relevante Zellzustände

Gesponsert von BioLegend

Sprecher: Dr. David Muench, Wissenschaftler, und Tamlyn Oliver, Managing Editor bei Biocompare

Inhalt

Fortschritte in der Genetik und Sequenzierung haben eine Fülle krankheitsassoziierter genetischer Veränderungen identifiziert. Um die Kausalität zwischen Genetik und Krankheit zu bestimmen, werden genaue Modelle für die molekulare Dissektion benötigt. Die schnelle Expansion von Transkriptionspopulationen, die durch Einzelzellanalysen identifiziert werden, stellt jedoch eine große Herausforderung für genaue Mutanten/Wildtyp-Vergleiche dar. Um dieses Problem zu lösen, hat ein Team am Cincinnati Children's Hospital Medical Center einen Einzelzell-Multiomics-Workflow erforscht, um neu generierte Mausmodelle der menschlichen schweren kongenitalen Neutropenie (SCN) zu analysieren, die von Patienten stammende Mutationen im GFI1-Transkriptionsfaktor tragen. In diesem Webinar beschreibt Dr. David Muench, Post-Doktorand, die Arbeit des Teams zur Generierung von Einzelzellreferenzen für granulopoetische genomische Zustände mit CITE-Seq, bevor die mutierten Zellen mit ihren Wildtyp-Äquivalenten abgeglichen wurden, um schließlich differentiell exprimierte Gene und epigenetische Loci zu identifizieren. Dr. Muench spricht auch über ihre Ergebnisse, einschließlich der Tatsache, dass sie herausgefunden haben, dass GFI1-Zielgene sequentiell durch aufeinanderfolgende Differenzierungszustände verändert werden. Diese Erkenntnisse erleichterten die genetische Rettung der granulozytären Spezifikation, aber nicht die Defekte nach der Festlegung in der angeborenen Immuneffektor-Funktion, während sie gleichzeitig die Bedeutung der Bewertung der Auswirkungen von Mutationen und Therapie innerhalb jedes relevanten Zellzustandes unterstreichen.